Transcriptoma: Escavação profunda com RNA-seq.

RNA-Seq envolve seqüenciamento de cDNAs (DNA complementar), obtidos a partir da ação da enzima transcriptase reversa sobre RNAs mensageiros, utilizando tecnologias de seqüenciamento com alto rendimento, permitindo que o nível de transcrição de uma determinada região genômica seja quantificada a partir da densidade de leituras correspondentes. Ao contrário das abordagens com arranjos, o RNA-Seq dá uma visão abrangente do transcriptoma. Outra vantagem é a sua capacidade de fornecer informações sobre as transcrições que são expressas em níveis muito baixos.
Além de olhar para padrões de expressão do RNA, o RNA-Seq pode permitir que os investigadores descubram novas classes de RNA, detecção de mutações pontuais nos transcritos expressos, identificar fusão de transcritos, descobrir novos eventos de splicing alternativo e análise de expressão de alelos (aplicações impossíveis com outras tecnologias).
Estudos com células-tronco e células de tecidos diversos de camundongos e humanos identificaram um grande número de transcritos anteriormente desconhecidos, forneceram novas informações sobre as posições dos promotores, exons e destacaram uma enorme diversidade de transcritos que podem ser gerados por splicing alternativo em mamíferos. O estudo em células humanas identificou 4.096 splices alternativos previamente desconhecidos em 3.106 genes.

Em si, estes trabalhos fornecem muitas novas descobertas para posterior investigação. Eles também destacam o quanto temos que aprender sobre a complexidade do transcriptoma eucariótico, abrindo o caminho para muitos mais estudos em diferentes espécies e tipos células.

Alexandre Marques